新中国成立初，一直存在着两种截然对立的倾向。一是有些人对中医抱着一种历史虚无主义的态度，说中医“不科学”，中药“不卫生”。二是在中医界内部，有些人把中医神秘化，认为中医“百病皆治”、“完美无缺”，不需要用现代科学、也不能用现代科学方法来加以整理和研究。因此，团结中西医的方针在新中国成立后的头几年里，卫生部门领导也一直没有认真执行。
1951年，卫生部的个别领导公开发表文章，称中医为“封建医”，把中医中药知识看作是封建社会的“上层建筑”，应该随封建社会的消灭而被消灭。这一错误观点流传很广，并得到一些人的支持，成为有些卫生行政部门的干部实行排挤和逐步消灭中医的理论依据，从而引起广大的中医和人民群众的不满。特别是1951年5月1日卫生部公布的《中医师暂行条例》及实施细则，与1952年10月4日公布的《中医师考试暂行办法》，均规定了一些不切实际的要求和过于苛刻的办法，使大多数中医不能合法执业。在国家实行公费医疗制度中，中医药治疗费用不能报销，中医无法发挥应有的作用。1951年12月，卫生部发出的《关于组织中医进修学校及进修班的通知》，尽管目的是组织中医进修业务，但讲授的大都是西医课程。对中医的提高和改造要求过高过急，不是从保持中医传统的理论和医疗特色出发来发展中医，而是错误地认为中医必将被西医代替，由城市到乡村，由乡村走向自然淘汰。
当时，由中央卫生部直接领导的中医师资格审查，仅就华北地区68个县来讲，竟有90%以上的中医师被认为是“不合格”的。对中医师的考试，由于多为西医内容，使得大多数中医师被淘汰。如在天津中医师考试中，其结果仅有1/10的中医师通过。在高等教育中没有中医药这一学科，使得中医药人才的培养问题没有着落。
针对当时普遍存在的认为中医不科学而歧视、排斥中医的现象，毛泽东在1954年就及时纠正说：“中医对我国人民的贡献是很大的，中国有六万万人口，是世界上人口最多的国家，我国人民所以能够生衍繁殖，日益兴盛，当然有许多原因，但卫生保健事业所起的作用是其中重要原因之一，这方面首先应归功于中医。”他又说：“中西医比较起来，中医有几千年的历史，而西医传入中国不过几十年，直到今天我国人民疾病诊疗仍靠中医的仍占五万万以上，依靠西医的则仅数千万(而且多半在城市里)。因此，若就中国有史以来的卫生教育事业来说，中医的贡献与功劳是很大的。祖国医学遗产若干年来，不仅未被发扬，反而受到轻视与排斥，对中央关于团结中西医的指示未贯彻，中西医的真正团结还未解决，这是错误的，这个问题一定要解决，错误一定要纠正。首先各级卫生行政部门思想上要改变。”
1955年，毛泽东在一次会上又严肃指出：几年来，都解放了，唱戏的也得到了解放，但是中医还没得到解放。中医进修西医化了。看不起中医药，是奴颜婢膝奴才式的资产阶级思想。
为了全面纠正影响中西医团结的错误倾向，毛泽东和党中央采取了一系列重大措施。1954年11月，中共中央批转国务院文委党组《关于改进中医工作的报告》。卫生部于1955年2月2日发出《关于取消禁止中医使用白纸处方规定的通知》，旨在取消对中医行医的限制。1956年11月27日，卫生部发布了《关于废除中医师暂行条例的通令》。《通令》称：本部在1951年5月1日公布的《中医师暂行条例》，与党的中医政策精神相违背，使中医工作受到严重损害，特此宣布废除。
1954年下半年，北京、天津、上海等大城市的各大医院，开始吸收中医参加工作，并设置中医门诊和中医病床，公费医疗也明确规定中医看病吃药准予报销。据1958年统计，当时全国已建立了300多家中医医院。在党的中医政策的指引下，从中央到地方的各级卫生行政机关，吸收中医参加领导工作并设置中医管理机构，从而极大地提高了中医的政治地位。
毛泽东不仅关心着中医药事业的发展，而且还与许多名医都有交往，请他们看病，甚至与他们亲切长谈。有一次，毛泽东宴请一些知名人士，其中就有北京四大名中医之一的施今墨先生。施今墨与著名西医专家黄家驷、林巧稚等同桌。毛泽东风趣地对施今墨说：“你很有名啊，我在年轻时就听说过你。你们同行是不是冤家啊?” 施今墨回答：“主席，我们团结得很好，互相很尊重。”毛泽东听了很高兴。
1955年，上海名中医章次公先生被调到卫生部任中医顾问。不久，中央“四老”之一的林伯渠患病颇重，呃逆月余不止，章次公赴治，三剂药治好了林伯渠。中央办公厅一位同志在闲谈时对毛泽东说：“卫生部新来了一位老中医章老，那医术可神了……”接着又将林老案例讲给毛泽东听。毛泽东高兴地说：“我早对你们讲过，中医不比西医差嘛，你们还不信。”过了几天，毛泽东身体不适，指名请章次公为他看病。此后，毛泽东曾两次约请章次公彻夜长谈中医学。他看过不少中医书，提了许多问题，章次公均对答如流，毛泽东会心地说了一句：“难得之高士也。”